Храм Покрова Пресвятой Богородицы в Рубцове был возведен царем Михаилом Федоровичем Романовым по обету и в благодарность за спасение Москвы от польско-литовских захватчиков в праздник Покрова Пресвятой Богородицы 1 октября 1618 года. Каменный храм – один из дворцовых соборов - является памятником русской воинской славы, свидетельства окончания смуты и начала возрождения Отечества.
 
Первоначальный деревянный храм через восемь лет был заменен каменным, освященным 29 октября 1626 года. С того же времени существуют приделы Царевича Димитрия и преподобного Сергия Радонежского. Храм был дворцовым, с 1761 года стал приходским. Храм имеет подклеть, была открыта ходовая паперть на арках. В 1787 году построена нынешняя колокольня вместо прежней звонницы, открытые паперти обращены в закрытые трапезные для приделов, заложены нижние арки под папертью. При храме была образована епархиальная община сестер милосердия. При общине был детский приют, аптека, амбулатория, дом призрения для престарелых, фельдшерские курсы и школа шелководства.
 
В 1934 году храм был закрыт, разграблен, кладбище при храме разорено, высокая каменная ограда с воротами разрушена. Здание храма передали Метрострою под электромонтажные мастерские. Одно время использовалось под жилые помещения. В 1961-1962 годах была проведена реставрация храма под руководством архитектора А.Оха с приспособлением здания храма под репетиционные помещения Государственной республиканской академической хоровой капеллы имени А.А. Юрлова.
В 1992 году храм возвращен Церкви, в 2003 году возобновлены богослужения. C 2008 года в храме служат древнерусским чином.