1 октября 1618 года была предотвращена последняя попытка поляков захватить русский престол. В память этого события был воздвигнут храм Покрова Пресвятой Богородицы в дворцовом селе Рубцове. Сначала был поставлен деревянный обыденный храм (1619), а затем возведён и освящен в 1626 году каменный с двумя приделами, по правую сторону придел тёплый во имя преподобного Сергия Радонежского, по левую — придел царевича Димитрия. Построили храм в архитектурных формах, характерных для эпохи царей Фёдора Ивановича и Бориса Годунова. «Государь постави храм каменный по обету своему во имя Покрова Пречистыя Богородицы в дворцовом селе Покровском». В «Разрядных книгах» была также сделана под 7135 (1626) годом запись: «Того же года октября в 29 день Государь Царь и Великий князь Михайло Федорович Всея Руси ходил в свое государево село в Рубцово для освящения церкви Пречистыя Богородицы Покрова». Вместе с государем выехал в Рубцово весь царский двор из Кремля на несколько дней и был устроен по поводу освящения праздничный стол.

Земля, на которой стоит храм, сохранила историческую память о многих событиях из жизни царской семьи Романовых.

Село Рубцово, (позднее Покровское) Московского уезда, при впадении речки Рыбинки в Яузу, было пожаловано царём Иваном Грозным боярину Никите Романовичу Юрьеву, брату первой жены царя Анастасии Романовны и матери царя Фёдора Ивановича. Перейдя по наследству боярину Федору Никитичу Романову (будущему патриарху Филарету), после воцарения его сына Михаила Федоровича, стала государевой подмосковной усадьбой.

«Разрядные книги» XVII века содержат многочисленные сообщения о посещениях государя Михаила Фёдоровича и государя Алексея Михайловича своей вотчины, проходивших там богослужениях в храме Покрова, торжественных приёмах послов и различных гостей в Покровском дворце, праздничных обедах, семейных торжествах, царской охоте весной и осенью в окрестностях Покровского и Семеновского.

В 1733 г. в царствование Анны Иоанновны в селе Покровском был построен дворец для русской принцессы, дочери Петра I Елизаветы, которой принадлежало дворцовое село. Во времена императрицы Елизаветы Петровны дворцовая усадьба в Покровском превратилась в своеобразный зелёный цветущий «вертоград» с прудами, аллеями плодовых деревьев и ягодных кустарников, качелями, каруселями, раскатами катальных гор, праздничными народными гуляниями в масленицу, на Пасху и на Троицу.

Храм Покрова Пресвятой Богородицы в силу своего местоположения в государевой усадьбе подобно кремлевским соборам получил статус собора. При нём находился протопоп с двумя священниками и диаконом, получал государеву ругу, которая в 1677 году составляла 207 рублей 35 копеек.

В 1761 году после кончины императрицы Елизаветы Петровны становится обычным приходским храмом, но на содержание ему продолжала выделяться из государственного казначейства денежная руга. Тем не менее, в клировых ведомостях отмечалось: «содержание причта недостаточное».

В приходе Покровской ружной церкви в 1838 году насчитывалось 32 двора и 706 прихожан, в 1845 году 27 дворов и 278 прихожан, в 1916 году 116 дворов и 844 прихожан.

В 1677 году, когда храм ещё был дворцовым, он был расширен, окна алтарных апсид получили наличники (Архитектура и строительство Москвы. 1989. № 9, с. 32).

В последних числах марта 1787 года Дворцовая экспедиция, осматривая храм, вынуждена была снять колокола и сломать ветхую каменную колокольню «о трёх столбах». В ноябре 1787 года сообщают: «в том месте проходит в паперть великая течь, внутри самой церкви как святый иконостас ветх, так и в нем святые образа от долговременности потемнели», в «церкви на углах, волею Божией, ветром железную крышу раскрыло, поэтому в тех местах и возле царских врат и над царским местом протекает» (ЦИАМ. Ф. 203. Оп. 761. Д. 301. Л. 1-1 об).

В конце 80-х — начале 90-х XVIII века строится нынешняя колокольня, с обеих боковых сторон нижние паперти закрываются и превращаются в трапезные. (См. рисунок 1913 года в кн: Путеводитель по Москве, изданный Московским Архитектурным обществом для членов V съезда зодчих в Москве (Под редакцией И.П. Машкова. М., 1913. С. 194. Рис. 64. Воспроизведен в «Сорок сороков». Т. 3. С. 245).

После французского нашествия в 1812 году поновлялись многие храмы. Елизаветинский дворец был разграблен; вероятно, пострадал и храм.

В 1821 году был полностью обновлён иконостас, в 1822 году верхняя паперть была сделана закрытой, а пролеты нижних арок заложены. (Александровский. № 48).


К 250-летию Покровского собора, 1 октября 1869 года, стараниями церковного старосты, безвозмездно трудившегося архитектора Ивана Николаевича Дьячкова, крайне обветшавший храм приведён в «возможное благолепие». Литургию совершили: митрополит Иннокентий (Вениаминов), настоятель Богоявленского монастыря Никодим, протоиерей церкви Петра и Павла в Басманной Терновский, 4 священника. Явилась игумения Серпуховского Владычня монастыря Митрофания. Слово сказал священник Н. Добромыслов (ж. «Современная летопись», № 40. с. 13-14).

10 февраля 1872 года Покровская ружная церковь со своим земельным погостом в 2916 квадратных сажен вошла в состав Московской Владычне-Покровской общины сестёр милосердия у Покровского моста. При своём учреждении община получила землю бывшей дворцовой усадьбы размером в 24.105 квадратных сажен. Из них 1300 пустопорожней земли, прилегающей к общим сторонам полотна Московско-Рязанской и соединительной ветки Николаевской железной дороги, под прудом — 3.466 квадратных сажен, остальные 19.339 квадратных сажен — под Покровским собором, зданиями, садом и вновь разрешенным кладбищем (ЦИАМ. 16.25.718).

25 июня 1872 года в домовом храме Елизаветинского дворца был освящён престол в честь Воскресения Словущего. На освящении присутствовал митрополит Иннокентий, викарий епископ Можайский Игнатий, обер-прокурор Святейшего Синода граф Д.А. Толстой, московский генерал-губернатор В.А. Долгорукий и другие. Освящение совершил старший священник прихода В.И. Скороходов.

В Елизаветинском дворце позднее были освящены престолы преподобного Серафима Саровского (26 мая 1909), иконы Божией Матери «Утоли моя печали» (1874). В Романовской больнице был освящён престол в честь преподобного Михаила Малеина (27 декабря 1913). Причты Покровского храма и созданных домовых храмов были объединены, метрические и исповедные книги хранились в храме Покрова Пресвятой Богородицы.

Доброй церковной традицией, сложившейся еще в XVII веке, был ежегодный Крестный ход из Покровского на Яузу 1 августа для торжественного водоосвящения на источниках в честь Святого и Животворящего Креста Господня и в память Крещений Руси. В Крестном ходе принимали участие соседние храмы: Воскресения Словущего в Общине, Александра Невского в Покровской мещанской богадельне, Николо- Покровский и Троицкий (Ирининский) храмы (ЦИАМ. 203.744.3202. Л. 10,119).

Московская Покровская община сестёр милосердия была учреждена в 1870(69) году игуменией Митрофанией, настоятельницей Серпуховского Владычно-Покровского монастыря (дочь наместника на Кавказе, фрейлина двора, баронесса Прасковья Григорьевна фон Розен) под покровительством императрицы Марии Федоровны. Игумения Митрофания была духовной дочерью святителя Филарета, митрополита Московского.

По примеру московских монастырей Московской Владычино-Покровской общине сестер милосердия в начале 1872 года разрешили открыть при храме кладбище (Фонд 16. оп. 24. Дело 2833).

С именем игумении Митрофании связана полоса крупных неприятностей, чуть было не погубивших общину. Существование общины в основном зависело от частных пожертвований. В арке Китайской стены у Проломных ворот в 1870 году общиной была поставлена икона Покрова Пресвятой Богородицы и при ней кружка для подаяний, которые поступали от торговцев (Фонд 16. оп. 28. Дело 608). Однако, этих скудных средств постоянно не хватало. Игумения Митрофания стала подделывать векселя, и это не осталось незамеченным. Дело против неё было начато в 1873 году. В монастыре она организовала религиозную трудовую общину, поставив всё на очень широкую ногу. «Личной корысти в её преступлении, по словам А.Ф. Кони, занимавшегося этим делом, не было никакой. Он пишет: «Эта была женщина обширного ума, чисто мужского делового склада, шедшего вразрез со многими традиционными и рутинными взглядами... той среды, в рамках которой ей приходилось вращаться». С упадком обители, конечно, бледнела и роль необычной настоятельницы. Со всем этим не могла примириться гордая и творческая натура Митрофании, и она пошла на подлог ради вложения капитала в дело» (Якушева Н.И. Жили-были москвичи. - М., Изд-во МСХА, 2004, с. 68).
Игумению осудили, обвинив в подлоге векселей на сумму в 22000 рублей, приговорив к лишению всех прав и преимуществ и ссылке в Сибирь.

О процессе игумении Митрофании вспоминали при каждом удобном случае вплоть до 1914 года. После такого скандала Покровская община долго не могла оправиться. Но дело, к которому были призваны общины сестер милосердия, вернуло к жизни обитель.

За полвека своего существования был создан целый комплекс больничных учреждений. Монахини и сёстры милосердия общины несли свои послушания в больницах, госпиталях, частных домах, облегчая страдания больных, стариков и детей.

При Покровской общине действовали: приют для детей-сирот, шестиклассная школа, фельдшерские курсы (120 воспитанниц), школа шелководства, амбулатория, больница, госпиталь, дом призрения для престарелых монахинь и сестёр милосердия.

В общине находились три разряда сестёр: испытуемые, младшие и старшие (крестовицы). Звания старшей сестры присваивалось достойно проработавшим в течение пяти лет. При этом сестра получала наперсный крест, в связи с чем называлась крестовицей.

Сестры общины были опытными и профессиональными. Многие из них приняли участие в сербо-турецкой и русско-турецкой войнах 1876, 1877-1878 гг., русско-японской войны 1904-1905 гг., имели награды. Так, из 206 сестер в Послужном списке за 1906 год читаем: Старшая сестра милосердия Аристова Феодосия, 55 лет [будущая игумения - А.Д.], в действующей армии за Дунаем в 1876 г., в войне Сербской кампании 1877-1878 гг., в русско-японской кампании 1905 г., имеет медали и наградные знаки Красного Креста. Бусенко Мария, 56 лет, в действующей армии Сербской кампании 1877-1878 гг., награждена медалью и знаком Красного Креста. Добролюбова Мария, 57 лет, в действующей армии Сербской кампании 1877-1878 гг., награждена медалью. Добролюбова Феона, 54 года, в действующей армии Сербской кампании 1877-1878 гг., в японской кампании, награждена серебряным орденом «Такива», медалями и знаком Красного Креста. Егорова Татьяна, 54 года, в действующей армии Сербской кампании 1876 г., награждена медалью и знаком Красного Креста. Ржаницына Серафима, 57 лет, участвовала в 1876 году в Сербской кампании, награждена знаком Красного Креста. Награждёнными Серебряной медалью или знаком Красного Креста числятся Андреева Александра, Васильева Матрона, Дмитриева Анисия, Жукова Елизавета, Иорданская Александра, Поликарпова Агрипина, Соколова Татьяна и другие.

В дни первой мировой войны императрица Александра Фёдоровна с дочерьми навещали раненых солдат, находившихся на излечении в госпитальных палатах Покровской общины сестер милосердия.
 
К XX веку из старинного убранства храма остались иконы Покрова Пресвятой Богородицы и царевича Димитрия XVII века, древние паникадило, хоругвь и шесть старых колоколов 1627, 1641 и других годов. На колоколах были вылиты даты и надписи: «Повелением государя великого князя Михаила Федоровича и его благословенного родителя, патриарха Филарета Никитича в Покровский собор в село Рубцово» ((ЦИАМ.ф.16.0п.228.Д.108.Л.188); Александровский, № 48).


В 1923 году Покровская община была распущена и преобразована в Товарищество под руководством монахини Арсении (в миру Елизавета Александровна Рябинина, дочь коллежского советника, имела диплом домашней учительницы, пострижена 3 августа 1915 года, в общине находилась при игумении Ювеналии с 1911 года). Товарищество занималось швейным производством, стегало одеяла частным заказчикам.

В 1872 году общине сестёр милосердия разрешено открыть кладбище при храме Покрова Пресвятой Богородицы.

Начальницами Московской Епархиальной Покровской общины сестёр милосердия были игумении Зинаида, Салафиила (Осипова; с 1904 года), с декабря 1907 года - Ювеналия (Мароджанова). Последней была игумения Антония (Аристова).

Вероятно, в цокольном этаже храма размещалась монашеская община сестер из кремлевского Вознесенского женского монастыря, закрытого в октябре 1918 года.
 
В 1926-1929 годах духовником, или священником «по совместительству», мог быть священник Павел Ансимов, служивший с 1926 по 1929 гг. в храме Введения Пресвятой Богородицы во храм на Введенской площади и с 1929 по 1931 гг. в храме святителя Николая в Покровском.

В 1934 году храм был закрыт, разграблен, кладбище при храме разорено, высокая каменная ограда с воротами разрушена. Здание храма передали Метрострою под электромонтажные мастерские. Есть сведения, что в храме располагались мастерские скульптора и одно время здание храма использовалось под жилые помещения. В 1961-1962 годах была проведена реставрация храма под руководством архитектора А.Оха с приспособлением здания храма под репетиционные помещения Государственной республиканской академической хоровой капеллы имени А.А. Юрлова.


В 1992 году храм возвращен Церкви, но реально войти в храм и начать богослужебную деятельность удалось лишь в 2003 году.